Існує ряд обмежень щодо використання податкової політики як регулюючого чинника:

 По-перше, податкова політика є не єдиним чинником, що впливає на економічні процеси, а тому необхідно вибирати серед непрямих важелів найбільш ефективні для вирішення конкретного завдання. Наприклад, для вирішення проблеми стримування інфляційних тенденцій найбільш прийнятною є грошово-кредитна політика, для вирішення соціальних проблем – видаткова політика, оскільки за допомогою бюджетних трансфертів можна надавати цільову допомогу саме тим верствам населення, яким вона потрібна, та тим виробництвам, які вирішують соціальні проблеми. В той же час надання податкових пільг з метою вирішення соціальних проблем найчастіше використовується для ухилення від сплати податків, тощо.

 По-друге, сьогодні економічна наука не може відповісти з точністю, до яких наслідків призведе та чи інша дія держави в сфері оподаткування, оскільки економічна система є дуже складним явищем, що включає в себе різноманітні зв’язки і взаємозалежності. Крім того, вона знаходиться в постійному розвитку. Тому досить складним є вивчення законів її розвитку, сприяє неоднозначному тлумаченню економічних процесів в теоретичних дослідженнях. Звідси і існування різних точок зору на шляхи розвитку податкової системи.

 По-третє, податковій політиці бракує мобільності. Це пов’язане з тим, що зміни в сфері оподаткування мають прийматись законодавчою владою. Наслідком цього є те, що найбільш радикальні зміни, продиктовані фінансовою наукою можуть бути блоковані, крім того, ці зміни, як правило, запізнюються по відношенню до потреб сьогодення. Це обумовлене слідуючими обставинами: "запізнення у визначенні” - тобто запізнення у часі, який потрібен економістам для того, що проаналізувати економічну ситуацію, напрямки її зміни та прийняти одностайне рішення щодо перспектив подальшого економічного розвитку; "запізнення у прийнятті рішення” - тобто запізнення у часі, який потрібен владі для того, щоб вирішити, які саме кроки необхідно здійснити саме в цій економічній ситуації; "запізнення у реагуванні” - тобто після прийняття визначених дій необхідний час для того, щоб економічна система відреагувала відповідним чином на здійсненні дії.

 По-четверте, податкова політика обмежена по силі свого впливу на виробництво, оскільки основною функцією податків є забезпечення фіскальних потреб держави, тому проведення податкової політики насамперед має на меті вирішення проблем формування доходної частини бюджету, і тільки після цього вона може використовуватись як інструмент регулювання відтворювального процесу.

 Податкова політика може впливати як на макро-, так і на мікроекономічний рівень. З точки зору макроекономіки податкова політика може впливати на загальний рівень попиту - як інвестиційного (прямі податки на юридичних осіб), так і споживацького (прямі податки на фізичних осіб), а також на загальний рівень цін в країні (непрямі податки, в першу чергу універсальні акцизи). Тому податкову політику можна використовувати для вирішення такої проблеми, як стабілізація економічного розвитку. З точки зору мікроекономіки податкова політики впливає на зацікавленість окремих суб’єктів господарювання в розвитку тих чи інших видів підприємницької діяльності шляхом встановлення диференціації в умовах оподаткування.